Η ΕΕΜΕΚΕ ιδρύθηκε από 30 επιστήμονες κυρίως εγκληματολόγους αλλά και ποινικολόγους και κοινωνιολόγους. Διοικείται από Διοικητικό Συμβούλιο

ΔΙΟΙΚΗΤΙΚΟ ΣΥΜΒΟΥΛΙΟ

Πρόεδρος, Νικόλαος Κουλούρης, Αναπληρωτής Καθηγητής, Δημοκρίτειο Πανεπιστήμιο Θράκης 

Αντιπρόεδρος, Όλγα Θεμελή, Αναπληρώτρια Καθηγήτρια, Πανεπιστήμιο Κρήτης

Γενική Γραμματέας, Μαργαρίτα Γασπαρινάτου, Επίκουρη Καθηγήτρια, Δημοκρίτειο Πανεπιστήμιο Θράκης 

Ταμίας, Ειρήνη Σταμούλη, Δικηγόρος, Δρ. Εγκληματολογίας

Μέλη:

Σοφία Βιδάλη, Καθηγήτρια, Πάντειο Πανεπιστήμιο

Γιώργος Παπανικολάου, Αναπληρωτής Καθηγητής, Northumbria University, UK

Γιάννης Πέτσας, Δρ. Σωφρονιστικής Πολιτικής, Πανεπιστήμιο Πελοποννήσου

Αναπληρωματικά Μέλη:

 Δημήτρης Κόρος, Δικηγόρος, Δρ. Σωφρονιστικής Πολιτικής, Δημοκρίτειο Πανεπιστήμιο Θράκης